Όλα τα παρακάτω είναι σε επίπεδο Ευρωπαϊκής Ένωσης. Όμως στην Ελλάδα τα προβλήματα είναι πάρα πολλά, μερικά από αυτά είναι:
- Ανεπάρκεια ελέγχου στα φάρμακα εξαιτίας της έλλειψης οργανωτικών δομών στην πολιτεία.
- Ανεξέλεγκτη η κατανομή των τιμών στα προϊόντα
- Έλλειψη πολιτικής βούλησης από την πολιτεία για την ορθολογιστική διαχείριση.
Μετά από αυτές τις ατέλειες στο σύστημα διαχείρισης. Οι καταναλωτές πλέον και λόγω της κρίσης επιλέγουν συμβατικά. Το ΠΑΚΟΕ επανειλημμένα έχει επισημάνει τα προβλήματα αυτά.
Η Κομισιόν αναφέρει ότι από το 2010 έως 2017 αυξήθηκε η αγροτική γη που προορίζεται για παραγωγή βιολογικών προϊόντων και ταυτόχρονα αύξηση σημείωσαν οι εισαγωγές βιολογικών τροφίμων.
Για το ίδιο χρονικό διάστημα σημειώθηκε είσοδος 14.000 νεοεισερχόμενων στον τομέα βιολογικής παραγωγής, αλλά 10.000 παραγωγοί επέστρεψαν στις συμβατικές καλλιέργειες. Αιτία για την στροφή στις συμβατικές καλλιέργειες είναι η μειωμένη παραγωγή.
Το συνολικό ποσό των γεωργικών εκτάσεων που προορίζονταν για βιολογικά προϊόντα ανερχόταν σε 7% του συνόλου των εκτάσεων στην ΕΕ για το 2017. Τον ίδιο χρόνο ο τζίρος στις λιανικές πωλήσεις έφτασε τα 34,3 δις ευρώ.
Οι εισαγωγές βιολογικών τροφίμων το 2018 έφτασαν τους 3,2 εκατ. τόνους. Αιτία για την ανάπτυξη του τομέα αυτού είναι η διάθεση των προϊόντων σε τιμές έως 150% μεγαλύτερες από τις τιμές διάθεσης των συμβατικών προϊόντων.