Το ΠΑΚΟΕ σε δύο έρευνες που έχει κάνει για την περιοχή το 2001 και το 2012 έχει επίσης τονίσει εκτός των παρακάτω και το τεράστιο πρόβλημα της επιχωμάτωσης της λίμνης. Καιρός είναι η περιφέρεια να φροντίσει …τη λίμνη και να σταματήσει αμέσως η εκμετάλλευση της από τους…αετονύχηδες.
Η Παμβώτιδα είναι μία από τις αρχαιότερες λίμνες παγκοσμίως και η δεύτερη αρχαιότερη μετά την Αχρίδα σε ευρωπαϊκό επίπεδο με ηλικία που φτάνει στα επτά εκατομμύρια χρόνια.
Δυστυχώς στις μέρες μας πολλές παρόχθιες περιοχές της λίμνης, έχουν μετατραπεί σε μια απέραντη χωματερή. Ανάμεσα στην πλούσια βλάστηση «ξεφυτρώνουν» ποδήλατα, μηχανάκια, πλυντήρια, στρώματα, λάστιχα αυτοκινήτων, μικροέπιπλα, ενώ κάποιοι ασυνείδητοι έχουν «οριοθετήσει» συγκεκριμένα σημεία όπου πετούν ό,τι άχρηστο ογκώδες αντικείμενο δεν χρειάζονται.
Στις αυτοψίες που κάνουν το τελευταίο διάστημα υπάλληλοι του Φορέα Διαχείρισης της Παμβώτιδας Λίμνης, διαπιστώνουν ότι στις όχθες έχουν αφεθεί τεράστιες ποσότητες από παλιά, άχρηστα αντικείμενα όπως αυτά που αναφέρθηκαν περαπάνω.
Σε άμεση εξάρτηση από τον αστικό ιστό της πόλης των Ιωαννίνων, η Παμβώτιδα αντιμετωπίζει σοβαρά προβλήματα από τη ρύπανση. Το χειμώνα λόγω των έντονων καιρικών φαινομένων, καλάμια, κορμοί δέντρων, φερτά υλικά και κάθε λογής απορρίμματα μαζεύονται στις όχθες της, δημιουργώντας μεγάλες εκτάσεις με βούρκο.
Οι ανθρωπογενείς δραστηριότητες έχουν ως αποτέλεσμα να υποχωρούν οι ρηχές εκτάσεις της λίμνης, να αλλοιώνονται οι όχθες και να περιορίζονται η χλωρίδα και η πανίδα.